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호흡기-알레르기내과는 기관과 기관지, 폐, 흉막을 침범하는 호흡기 질환과 알레르기 및 면역 질환을 진료하는 내과이다. 기침, 객담, 호흡 곤란, 객혈, 흉통 등 호흡기 증상과 알레르기 증상으로 내원한 환자들을 대상으로 진료하며, 주로 진료하는 질환은 폐렴, 폐결핵 등 감염성 폐질환과 기관지염, 만성폐쇄성폐질환, 천식, 기관지 확장증 등 급/만성 기도질환, 폐암 등 종양 질환, 흉수와 흉막염 등 흉막질환, 폐포와 기관지에서 면역 기전으로 발병하는 간질성 폐질환과 각종 면역 질환, 알레르기 비염, 두드러기 및 약물유해반응 등이다. 아울러 급성 호흡부전을 동반하여 인공호흡기나 체외막산소화장치(Extracorporeal membrane oxygenation; ECMO)를 적용하는 환자들에 대한 중환자 집중치료를 시행하고 병원 내 다른 과의 중환자 진료를 자문하고 있다. 호흡기-알레르기내과에서 이루어지는 검사로는 폐기능 검사, 기관지내시경 및 초음파기관지내시경 검사, 알레르기 면역 검사 등이 있고 영상의학과와 협진을 통해 경피적 폐생검 및 기관지 스텐트 삽입 등 다양한 검사와 시술을 시행한다. 최근에는 최신 형광기관지내시경을 도입하여 흉부 저선량 전산화단층촬영(Computed tomography; CT)을 통해 이상 소견이 확인된 환자들에 대해 조기폐암검진 프로그램도 운영하고 있다.